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華大基因開(kāi)發(fā)出移植瘤生物信息分析新算法
2012-07-18
最新發(fā)現(xiàn)與創(chuàng)新
深圳7月17日電 今天，華大基因宣布成功開(kāi)發(fā)出適用于異種移植瘤模型生物信息學(xué)分析的新算法——PDXomics，該算法能夠?qū)⒁浦擦雠c宿主基因組序列進(jìn)行區(qū)分，有效地排除后續(xù)分析中異源物種數(shù)據(jù)的污染，保證分析結(jié)果的準(zhǔn)確性和可靠性，從而可使移植瘤模型更為有效的應(yīng)用于腫瘤新藥開(kāi)發(fā)和疾病機(jī)理研究。
目前，異種移植瘤模型多是在裸鼠或重癥聯(lián)合免疫缺陷性小鼠上進(jìn)行。對(duì)移植瘤樣品進(jìn)行全基因組或轉(zhuǎn)錄組測(cè)序時(shí)，無(wú)論取樣操作如何謹(jǐn)慎小心，都無(wú)法避免小鼠基質(zhì)細(xì)胞對(duì)移植瘤細(xì)胞造成污染。加之小鼠與人類(lèi)的基因組序列同源性很高，移植瘤中混入的小鼠序列都可完全匹配到人類(lèi)基因組上。因此，按照常規(guī)的生物信息學(xué)流程分析，就會(huì)導(dǎo)致分析結(jié)果假陽(yáng)性率非常高。而且模擬數(shù)據(jù)顯示，無(wú)論測(cè)序深度達(dá)到多少，這種外源序列污染的影響都是無(wú)法消除的。因此，小鼠基質(zhì)細(xì)胞污染導(dǎo)致移植瘤測(cè)序后續(xù)的生物信息分析變得錯(cuò)綜復(fù)雜。
據(jù)了解，華大基因開(kāi)發(fā)的PDXomics算法，能夠高效、精確地過(guò)濾掉移植瘤中小鼠基質(zhì)細(xì)胞污染。這套新的流程可以將移植瘤測(cè)序所得的短序列匹配到包含人和小鼠基因組的混合參考序列集上，保證在對(duì)人和小鼠共線性區(qū)域進(jìn)行分析時(shí)，能夠過(guò)濾掉小鼠基因組DNA，而不會(huì)把人的基因組當(dāng)作小鼠序列剔除。通過(guò)對(duì)該流程進(jìn)行綜合評(píng)估，研究人員證實(shí)這套新的流程算法能夠顯著地降低單核苷酸突變檢測(cè)的假陽(yáng)性率和假陰性率。新算法將極大地提高異種移植瘤小鼠模型的適用性和藥效評(píng)估準(zhǔn)確性，大大降低藥物研發(fā)成本，縮短研發(fā)時(shí)間，從而使移植瘤模型可以更好地在疾病機(jī)理研究和新藥篩選評(píng)價(jià)中發(fā)揮重要作用。
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